เกาะพีพีเล มีพื้นที่เพียง 6.6 ตารางกิโลเมตร เป็นเกาะที่เต็มไปด้วยภูเขาหินปูน มีหน้าผาสูงชัน ตั้งฉากกับพื้นผิวทะเล โดยรอบเกือบทั้งเกาะ มีพื้นน้ำลึกเฉลี่ยประมาณ 20 เมตร โดยมีบริเวณน้ำลึกที่สุด ประมาณ 34 เมตร อยู่ทาง ตอนใต้ของเกาะ เกาะแห่งนี้มีเวิ้งอ่าวสวยงาม อาทิ อ่าวปิเละ อ่าวมาหยา อ่าว- โละซามะ ฯลฯ นอกจากนี้ทางทิศ ตะวันออกเฉียงเหนือยังมีถ้ำไวกิ้ง ซึ่งเมื่อปี พ.ศ. 2515 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ภูมิพลอดุลยเดช เสด็จ ประพาสถ้ำแห่งนี้ และทรงพระราชทานนามใหม่ว่า "ถ้ำพญานาค" ตามรูปร่างหิน- ก้อนหนึ่ง ที่คล้ายเศียรพญา นาค อันเป็นที่เคารพสักการะของชาวบ้านที่มาเก็บรังนกนางแอ่นบนเกาะแห่งนี้ ภายในถ้ำทางทิศตะวันออกและ ทิศใต้ พบภาพเขียนสีสมัยประวัติศาสตร์ เป็นรูปช้าง และรูปเรือชนิดต่าง ๆ เช่น เรือใบยุโรป, เรือใบอาหรับ, เรือสำเภา, เรือกำปั่น, เรือใบใช้กังหัน และ เรือกลไฟ เป็นต้น สันนิษฐาน- ว่าภาพเขียนเหล่านี้เป็นฝีมือของ นักเดินเรือหรือพวกโจรสลัด เพราะจากการศึกษาเส้นทางเดินเรือจากฝั่งตะวันตก ไปยัง ฝั่งตะวันออก บริเวณนี้อาจเป็นจุดที่เรือสามารถแวะพักหลบลมมรสุม ขนถ่ายสินค้าหรือซ่อมแซมเรือได้