ชื่อ “ วัดพระยืน ” เรียกตามปูชนียวัตถุสำคัญที่อยู่ในวัด คือพระยืน ( พระพุทธรูปยืน ) ซึ่งเรื่องเกี่ยวกับพระยืนนี้ ได้มีการกล่าวไว้ในหนังสือตำนานหลายเล่ม อาทิ ในหนังสือ ตำนานมูลศาสนา ได้กล่าวถึงตอนที่พระญากือนาได้อาราธนานิมนต์พระสุมนเถระจากเมืองสุโขทัย เพื่อมาเชียงใหม่ โดยได้พักที่วัดพระยืน ในเมืองหริภุญชัย ราว พ . ศ . ๑๙๑๒ ซึ่งขณะนั้นได้มีพระยืน ๑ องค์อยู่ก่อนแล้ว แต่บริเวณนั้นเป็นป่า พระญากือนาจึงให้คนไปแผ้วถาง แล้วสร้างพระพุทธรูปยืนเพิ่มอีก ๓ องค์ โดยองค์หนึ่งให้หันหน้าไปทางทิศตะวันตก องค์หนึ่งหันหน้าไปทางทิศเหนือ และอีกองค์หนึ่งหันหน้าไปทางทิศใต้ และสร้างมณฑปครอบพระพุทธรูปยืนทั้ง ๔ องค์นี้ไว้

ต่อมามณฑปที่ได้สร้างไว้นั้นทรุดโทรมและปรักหักพังลง โดยเฉพาะที่ส่วนยอดพังลงมาจนถึงซุ้ม ส่วนพระพุทธรูปที่ประดิษฐานในมณฑปคงเหลือที่สมบูรณ์เพียงด้านทิศตะวันออกองค์เดียวเท่านั้น ดังนั้นในสมัยของ เจ้าหลวงอินทยงยศ จึงได้ให้ หนานปัญญาเมือง ชาวบ้านหนองเส้งซึ่งเป็นช่างประจำคุ้มหลวงเป็นผู้ออกแบบ และควบคุมการก่อสร้างพระเจดีย์ขึ้นมาใหม่ โดยสร้างครอบของเดิมที่ปรักหักพังไป แล้วให้นำเอาอิฐ หิน และดินที่พังลงมานั้น ใส่ถมพระมณฑปองค์เดิมที่มีพระพุทธรูปยืนเหลือเพียงองค์เดียวนั้นจนหมดสิ้น มณฑปองค์ใหม่นี้ทำจากศิลาแลงและอิฐบางส่วน และประดับลวดลายปูนปั้น ตั้งอยู่บนฐานสี่เหลี่ยมสูงกว่าเดิมมาก

มีบันไดที่ตกแต่งด้วยเหงาทอดขึ้นสู่มณฑปทั้ง ๔ ด้าน บนมณฑปมีลานทักษิณล้อมรอบด้วยกำแพงแก้ว ที่มุมประดับด้วยสถูปิกะ หรือเจดีย์บริวาร ถัดจากฐานมีเรือนธาตุย่อเก็จ และซุ้มจระนำ ๔ ด้าน โดยยึดรูปแบบคล้ายกับองค์เดิมที่สร้างในสมัยของพระญากือนา แต่ละซุ้มประดิษฐานด้วยพระพุทธรูปยืน เหนือขึ้นไปเป็นมาลัยเถาสี่เหลี่ยมซ้อนกัน ๓ ชั้น และมีมุมประดับด้วยสถูปิกะ ส่วนยอดประดับด้วยฉัตร นอกจากนั้นยังมียอดเล็ก ๆ ที่ประดับรอบยอดใหญ่อีก ๔ ยอด อย่างไรก็ตาม กล่าวกันว่ารูปลักษณะของมณฑปวัดพระยืนนี้ คล้ายกับมณฑปสัพพัญญูในเมืองพุกามประเทศพม่า ทั้งนี้คงเนื่องมาจากชาวพม่าเข้ามาอาศัยในล้านนาและได้มีส่วนสร้างหรือสนับสนุนในการบูรณะมณฑปพระยืนแก่หนานปัญญาเมือง

ความสูงของพระพุทธรูปที่สร้างขึ้นมาใหม่นี้ เมื่อเทียบกับระดับของพระพุทธรูปเดิมที่ถูกถมอยู่ข้างในแล้ว ระดับของพระนลาฏของพระองค์เดิมจะอยู่ในระดับเดียวกับระดับพระบาทของพระยืนองค์ที่เห็นในปัจจุบัน ด้วยเหตุนี้เองจึงได้มีการห้ามสตรีขึ้นไปบนเจดีย์ การก่อสร้างเจดีย์องค์ใหม่เริ่มขึ้นในปี พ . ศ . ๒๔๔๔ และสำเร็จลงในปี พ . ศ . ๒๔๕๐