ผลการสำรวจได้รวบรวมพื้นที่ที่จะจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติจำนวน 305,000 ไร่ หรือประมาณ 488 ตารางกิโลเมตร อุทยานแห่งชาตินี้เป็นพื้นที่ป่าอนุรักษ์อย่างแท้จริง และได้กันพื้นที่หมู่บ้านหรือชุมชน ออกจากที่จะประกาศจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติแล้ว ประกอบกับทางอุทยานแห่งชาติ ได้ดำเนินการประสานงานกับ หน่วยงานอื่น อาทิเช่น ฝ่ายปกครอง ผู้นำท้องถิ่นอย่างใกล้ชิด จึงไม่มีปัญหามวลชนแต่อย่างใดและต่อมา คณะอนุกรรมการป้องกันและปราบปรามการลักลอบทำลายทรัพยากรป่าไม้ประจำจังหวัดแม่ฮ่องสอน ได้มีการประชุมเมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 2539 ซึ่งมีนายสมเจตน์ วิริยะดำรงค์ ผู้ว่าราชการจังหวัดแม่ฮ่องสอน เป็นประธาน มีมติเห็นชอบให้ดำเนินการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติ

คณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ ได้มีมติเห็นชอบให้จัดตั้งอุทยานแห่งชาติถ้ำปลา-ผาเสื่อ จังหวัดแม่ฮ่องสอน โดยให้ดำเนินการเสนอร่างพระราชกฤษฎีกากำหนดเป็นอุทยานแห่งชาติต่อไป

ลักษณะภูมิประเทศ
เป็นแนวเทือกเขาหลายเทือกสลับเป็นลูกคลื่นต่อเนื่องไปจนจดชายแดนพม่าทางด้านทิศเหนือ มีความลาดชันมาก จุดสูงสุดเป็นยอดเขาดอยลาน สูงประมาณ 1,918 เมตรจากระดับน้ำทะเล อาณาเขตทิศเหนือจดรัฐฉาน สาธารณรัฐสังคมนิยมแห่งสหภาพพม่า ทิศใต้จดห้วยหมากอื้นและห้วยผึ้ง อำเภอเมือง จังหวัดแม่ฮ่องสอน ทิศตะวันออกจดลำน้ำของ กิ่งอำเภอปางมะผ้า จังหวัดแม่ฮ่องสอน ทิศตะวันตกจดรัฐฉาน สาธารณรัฐสังคมนิยมแห่งสหภาพพม่า

ลักษณะภูมิอากาศ
จังหวัดแม่ฮ่องสอนมีลักษณะภูมิอากาศแบบฝนเมืองร้อนเฉพาะฤดูกาล ฤดูฝนเริ่มตั้งแต่กลางเดือนพฤษภาคมถึงกลางเดือนตุลาคม มีฝนตกชุก ในรอบ 10 ปี มีฝนตกเฉลี่ยสูงถึง 138 วันต่อปี ฤดูหนาวเริ่มตั้งแต่เดือนพฤศจิกายนถึงเดือนมกราคม อากาศหนาวเย็นและแห้งแล้ง ฤดูร้อนเริ่มตั้งแต่กลางเดือนกุมภาพันธ์ ถึงกลางเดือนพฤษภาคม มีอากาศร้อนอบอ้าวทั่วไป

พืชพรรณและสัตว์ป่า
สภาพป่าพื้นที่อุทยานแห่งชาติถ้ำปลา-ผาเสื่อ เป็นป่าดงดิบชื้น ป่าดิบเขา ป่าสนเขา ป่าเบญจพรรณ ป่าเต็งรัง และทุ่งหญ้า พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ตะแบกนา เต็ง รัง มะค่าแต้ สัก มะค่าโมง ประดู่ แดง ตะแบกเลือด ตะเคียน สนสองใบ สนสามใบ เป็นต้น

สำหรับสัตว์ป่ายังมีอยู่ชุกชุม เช่น เลียงผา กระทิง ควายป่า หมี เก้ง กวางป่า หมูป่า กระต่ายป่า และนกนานาชนิด ฯลฯ

ถ้ำปลา
เป็นถ้ำใต้เชิงเขา มีธารน้ำไหลออกมาจากถ้ำตลอดทั้งปี บริเวณปากถ้ำเป็นวังน้ำกว้างประมาณ 2 เมตร และลึก 1.5 เมตร สามารถมองเห็นฝูงปลาขนาดใหญ่ มีสีดำเทาอมฟ้า เรียกว่า ปลามุงหรือพลวง ภายในถ้ำจะมีปลาดังกล่าวอยู่เป็นจำนวนมาก เพราะชาวบ้านเชื่อว่าปลานี้เป็นปลาศักดิ์สิทธิ์ หากใครนำมารับประทานจะพบภัยพิบัติ บริเวณหน้าถ้ำมีอาหารปลาจำหน่าย ซึ่งนักท่องเที่ยวนิยมซื้อและให้อาหารปลาอยู่เสมอ นอกจากนี้ถ้ำปลายังมีทิวทัศน์ของสภาพป่า หน้าผาเขาหินปูนอันเป็นธรรมชาติที่สวยงามมาก ถ้ำปลาอยู่ริมทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1095 สายแม่ฮ่องสอน-แม่มาลัย ระหว่าง กม. 191-192 ห่างจากเมืองแม่ฮ่องสอนเพียง 17 กิโลเมตร
กิจกรรม -ชมทิวทัศน์ - เที่ยวถ้ำ/ธรณีวิทยา

น้ำตกผาเสื่อ
เกิดจากลำแม่น้ำสะงา เป็นน้ำตกขนาดกลาง สูงประมาณ 10 เมตร กว้างประมาณ 15 เมตร ในช่วงฤดูฝนจะมีน้ำไหลเต็มหน้าผากว้างทำให้มีรูปร่างคล้ายเสื่อ จึงเรียกว่า “น้ำตกผาเสื่อ” ในฤดูแล้งจะมีน้ำน้อย ทำให้เห็นหินที่สวยงามเหมาะสำหรับพักผ่อนหย่อนใจ ทางเข้าน้ำตกผาเสื่ออยู่ก่อนถึงถ้ำปลาเล็กน้อย ห่างจากเมืองแม่ฮ่องสอน 26 กิโลเมตร
กิจกรรม -เที่ยวน้ำตก

เขื่อนพลังน้ำแม่สะงา
เป็นเขื่อนดินมีความสูง 37 เมตร ยาว 160 เมตร สามารถกักเก็บน้ำได้ประมาณ 780,000 ลูกบาศก์เมตร ซึ่งทำให้มีทัศนียภาพเหนือเขื่อนที่สวยงามเหมาะสำหรับเป็นสถานที่พักผ่อนหย่อนใจ
กิจกรรม -ชมทิวทัศน์

น้ำตกแม่สะงากลาง
เป็นน้ำตกที่อยู่เหนือเขื่อนแม่สะงาซึ่งเป็นเขื่อนดินทำหน้าที่ผลิตกระแสไฟฟ้า มีความสูงประมาณ 15 เมตร กว้างประมาณ 10 เมตร เป็นน้ำตกขนาดกลางที่สวยงาม มีน้ำไหลตลอดทั้งปี ระยะทางเดินเท้าเข้าไปประมาณ 1.6 กิโลเมตร น้ำตกแม่สะงากลางไหลลงสู่เขื่อนมาสะงา ซึ่งมีทัศนียภาพเหนือเขื่อนที่สวยงาม เหมาะสำหรับเดินป่าศึกษาธรรมชาติ การล่องแพ/พายเรือเข้าไปดูน้ำตก น้ำตกแม่สะงากลางตั้งอยู่บริเวณหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ถผ.2 (น้ำตกผาเสื่อ)
กิจกรรม -เดินป่าศึกษาธรรมชาติ - เที่ยวน้ำตก - ล่องแพ/ล่องเรือ 

น้ำตกห้วยโป่งอ่อน
เป็นน้ำตกที่อยู่ระหว่างเส้นทางเข้าหมู่บ้านห้วยโป่งอ่อน ซึ่งมีความสูงประมาณ 7 เมตร กว้างประมาณ 5 เมตร เป็นน้ำตกขนาดเล็ก ที่มีน้ำไหลตลอดปี มีทัศนียภาพที่สวยงาม ใต้น้ำตกเป็นแอ่งน้ำที่สามารถ เล่นน้ำได้ ในพื้นที่ 40 ตารางเมตร
กิจกรรม -เที่ยวน้ำตก

ถ้ำพระบาทคู่หรือถ้ำจักตอก
เป็นถ้ำอยู่บนภูเขาเหนือถ้ำปลา มีความกว้างด้านหน้าประมาณ 5 x 8 เมตร ซึ่งภายในมีหินงอกหินย้อยงดงาม แต่ต้องใช้เวลาเดินขึ้นเขาไปประมาณ 1 ชั่วโมงเศษ เส้นทางเดินมีความลาดชันพอสมควร นักท่องเที่ยวควรเดินด้วยความระมักระวัง
กิจกรรม -เดินป่าศึกษาธรรมชาติ - เที่ยวถ้ำ/ธรณีวิทยา

ถ้ำผาแดง
เป็นถ้ำเขาหินปูน ที่มีทัศนียภาพที่สวยงาม มีลำธารไหลลอดผ่าภายในถ้ำตลอดทั้งปี มีความลึกประมาณ 1 กิโลเมตร ภายในถ้ำมีหินงอกหินย้อยรูปลักษณ์ต่างๆ สวยงาม มีค้างคาวและโลงผีแมนขนาดใหญ่อยู่ทางด้านหน้าและด้านหลังถ้ำ ถ้ำผาแดงตั้งอยู่บริเวณหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ถผ.4 (ห้วยส้าน) ต้องเดินเท้าขึ้นไปประมาณ 500 เมตร
กิจกรรม -เที่ยวถ้ำ/ธรณีวิทยา

เส้นทางศึกษาธรรมชาติ
อุทยานแห่งชาติได้จัดทำเส้นทางศึกษาธรรมชาติไว้บริการนักท่องเที่ยว เพื่อการศึกษา หาความรู้ และได้ใกล้ชิดธรรมชาติ ดังนี้
• ที่ทำการอุทยานแห่งชาติ
• หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ถผ.1 (ถ้ำปลา)
• หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ถผ.2 (น้ำตกผาเสื่อ)
• หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ถผ.4 (ห้วยส้าน)

สถานที่ติดต่อ
อุทยานแห่งชาติถ้ำปลา-น้ำตกผาเสื่อ
70 หมู่ 1 ต.ห้วยผา อ. เมืองแม่ฮ่องสอน จ. แม่ฮ่องสอน 58000
โทรศัพท์ 0 5369 2055, 0 5361 9036 

การเดินทาง
รถยนต์
จากจังหวัดชียงใหม่ มาตามทางอำเภอแม่แตง ก่อนจะถึงอำเภอแม่แตงก็เลี้ยวซ้ายทางบ้านแม่มาลัย เข้าสู่เส้นทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1095 ผ่านอำเภอปลาย ก่อนจะถึงอำเภอเมืองอีกประมาณ 18 กิโลเมตร ก็จะถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติ

 เครื่องบิน
 จากสนามบินเชียงใหม่ เดินทางโดยเครื่องบินสายการบินไทยจาก เชียงใหม่-แม่ฮ่องสอน มีเที่ยวบินทั้งหมด 4 เที่ยว แล้วเหมารถรับจ้างมายังที่ทำการอุทยานแห่งชาติ ซึ่งอยู่ห่างจากตัวจังหวัดแม่ฮ่องสอนเพียง 18 กิโลเมตร

รถโดยสารประจำทาง
การเดินทางโดยรถยนต์สายกรุงเทพ-เชียงใหม่ ตามทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 11 และต่อรถยนต์สายเชียงใหม่ - แม่ฮ่องสอน มาทางอำเภอฮอดเข้าอำเภอแม่สะเรียง ผ่านอำเภอแม่ลาน้อย ขุนยวม เข้าไปยังอำเภอเมืองโดยทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1095 อีกเป็นระยะทาง 18 กิโลเมตร ก็จะถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติ หรืออีกทางมาทางอำเภอแม่แตง ก่อนจะถึงอำเภอแม่แตงก็เลี้ยวซ้ายทางบ้านแม่มาลัย เข้าสู่เส้นทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1095 ผ่านอำเภอปลาย ก่อนจะถึงอำเภอเมืองอีกประมาณ 18 กิโลเมตร ก็จะถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติเช่นกัน

สถานที่กางเต็นท์/เต็นท์
อุทยานแห่งชาติ ยังไม่ที่พัก-บริการไว้บริการนักท่องเที่ยว มีแต่สถานที่กางเต็นท์ให้บริการนักท่องเที่ยว เนื่องจากเป็นอุทยานแห่งชาติจัดตั้งใหม่ หากสนใจที่จะเดินทางไปท่องเที่ยวที่อุทยานแห่งชาติ นักท่องเที่ยวต้องจัดเตรียมเต็นท์และอาหารไปเอง