ในคราวประชุมคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติครั้งที่ 4/2537 เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2537 มีมติเห็นชอบให้จัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติและได้เสนอร่างพระราชกฤษฎีกาเพื่อจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ และได้รับการประกาศจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ เมื่อวันที่ 4 ธันวาคม 2546 โดยอุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีพื้นที่ครอบคลุมป่าน้ำปาด ป่าปากห้วยฉลอง ป่าห้วยสีเสียด ป่าคลองตรอนฝั่งขวา และป่าคลองตรอนฝั่งซ้าย ในท้องที่ตำบลแสนตอ ตำบลน้ำไคร้ ตำบลน้ำไผ่ อำเภอน้ำปาด ตำบลถ้ำฉลอง อำเภอเมืองอุตรดิตถ์ ตำบลผาเลือด อำเภอท่าปลา และตำบลน้ำพี้ ตำบลผักขวง ตำบลบ่อทอง อำเภอทองแสงขัน จังหวัดอุตรดิตถ์ มีพื้นที่ป่าที่สมบูรณ์ นอกจากจะเป็นคลองขนาดใหญ่ยังมีลำห้วยต่างๆ เกิดขึ้นยังมีจุดเด่นทางธรรมชาติที่สำคัญ และสวยงาม คือน้ำตกห้วยเนียม น้ำตกกกมอนแก้ว ถ้ำจันทร์ ถ้ำเจดีย์ ถ้ำเสือดาว ถ้ำผาตั้ง เขาภูเมี่ยง และหน้าผาที่สวยงามเป็นที่รู้จักของประชาชนทั่วไป สะดวกสบายในการไปพักผ่อนหย่อนใจ อุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีเนื้อที่ประมาณ 518.80 ตารางกิโลเมตร หรือประมาณ 324,240.80 ไร่ นับเป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 103

ลักษณะภูมิประเทศ
เป็นเทือกเขาสูงต่ำมีแนวเทือกเขาที่สำคัญคือ เขาภูเมี่ยง เขาคว่ำเรือ เขาหงายเรือ เขาสามเหลี่ยม เขาหยวก เขาถนน เขาแดด เขาไม้ผา เขาตักบอน เขาน้ำย้อย เขาผักขวง เขาจันทร์ ยอดเขาที่สูงที่สุดอยู่ด้านทิศตะวันออกคือ เขาภูเมี่ยง สูง 1,500 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง แหล่งกำเนิดห้วยที่สำคัญไหลจากแนวตะวันออกไปสู่แนวตะวันตกและไหลสู่แม่น้ำน่าน ได้แก่ ห้วยคลองม้ามืด เป็นต้น

ลักษณะภูมิอากาศ
สภาพภูมิอากาศทั่วไปค่อนข้างร้อน อากาศร้อนในฤดูร้อน คือ เดือนมีนาคม ถึงเดือนเมษายน อากาศหนาวเย็นในฤดูหนาว คือเดือนตุลาคมถึงเดือนกุมภาพันธ์ จะมีฝนตกชุกปานกลางในฤดูฝน เป็นระยะสั้นๆ ฤดูร้อนค่อนข้างร้อนยาวนานอุณหภูมิต่ำสุดที่ 13 องศาเซลเซียส อุณหภูมิสูงสุดที่ 43 องศาเซลเซียส

พืชพรรณและสัตว์ป่า
สภาพป่าไม้ทั่วไปเป็นป่าดิบแล้ง ดิบเขา สนเขา ป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ กระบก ตะเคียนหิน กระบาก ยอมหอม สมพง ยาง มะขามป้อม จำปีป่า สัก แดง ประดู่ ตะแบก ตระคร้อ ตีนนก สมอไทย เต็งรัง เหียง พลวง ติ้ว แต้ว รวมถึงก่อชนิดต่างๆ

สัตว์ป่าที่พบได้แก่ เลียงผา หมี เก้ง กระจง เสือลายเมฆ เสือปลา อีเห็น กระต่ายป่า หมูป่า ลิง ลิงลม พังพอน กระรอก กระแต เม่น รวมถึงสัตว์เลื้อยคลาน และนกชนิดต่างๆ

น้ำตกคลองตรอน
หรือเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า "น้ำตกห้วยโป่ง" เป็นน้ำตกขนาดกลางซึ่งเกิดจากห้วยคลองตรอนที่ไหลตกลงมาเป็นน้ำตกหลายชั้น มีน้ำตก 2 แห่ง คือ แห่งแรก มี 4 ชั้น มีความสูงประมาณ 20 เมตร แห่งที่ 2 ห่างจากแห่งแรก ประมาณ 1,500 เมตร มีความสูงประมาณ 30 เมตร การเดินทางจากจังหวัดอุตรดิตถ์ใช้ทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1045 สายอุตรดิตถ์-น้ำปาด เมื่อถึงอำเภอน้ำปาดเลี้ยวขวาตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1239 สายน้ำปาด-ห้วยมุ่น ไปอีก 18 กิโลเมตร มีทางแยกเข้าทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1212 ไปประมาณ 16 กิโลเมตร ถึงบ้านต้นขนุน จะมีทางแยกเข้าไปอีก 4 กิโลเมตร ถึงหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ คต.1 (บ้านต้นขนุน) น้ำตกชั้นที่ 1 ของน้ำตกคลองตรอนจะอยู่ห่างไปประมาณ 300 เมตร และมีทางเดินเลาะลำห้วยขึ้นเขาไปสู่น้ำตกชั้นอื่นๆ แต่ระยะทางค่อนข้างไกล

น้ำตกห้วยทราย
เป็นน้ำตกชั้นเดียวเกิดจากห้วยทราย หรือห้วยคว่ำเรือ มีความสูงประมาณ 35 เมตร อยู่หมู่บ้านบางขามป้อม ไม่มีทางรถยนต์

น้ำตกภูเมี่ยง
เกิดจากห้วยเมี่ยง อยู่ระหว่างหมู่บ้านบางขามป้อม กับหมู่บ้านห้วยคอม ห่างจากหมู่บ้าน ประมาณ 8 กิโลเมตร มีน้ำตก 11 ชั้น แต่ชั้นสูงประมาณ 30-45 เมตร น้ำไม่ไหลตลอดปี และยังไม่มีทางรถยนต์เข้าถึง

น้ำตกห้วยคอม
อยู่บริเวณตอนกลางของห้วยคอม บ้านห้วยคอม ตำบลน้ำไผ่ อำเภอน้ำปาด ประกอบด้วยน้ำตก 3 แห่ง แห่งที่ 1 เป็นน้ำตกชั้นเดียวสูงประมาณ 15 เมตร แห่งที่ 2 ห่างจากแห่งแรก 200 เมตร เป็นน้ำตก 2 ชั้น สูงประมาณ 15 เมตร แห่งที่ 3 ห่างจากแห่งที่ 2 ประมาณ 30 เมตร เป็นน้ำตกชั้นเดียว สูงประมาณ 20 เมตร การเดินทางต้องเดินเท้า ห่างจากหมู่บ้านห้วยคอมประมาณ 5 กิโลเมตร ไม่มีทางรถยนต์เข้าถึง

น้ำตกห้วยเนียม
เกิดจากห้วยสาบ (ชาวบ้านเรียกห้วยเนียม) อยู่ตอนกลางของห้วยเป็นน้ำตก 3 ชั้น สูงประมาณ 5 เมตร การเดินเท้า จากหมู่บ้านห้วยเนียมประมาณ 3 กิโลเมตร ไม่มีทางรถยนต์เข้าถึง

ผาภูเมี่ยง
เป็นผาสูงสวยงามมีจุดเด่นเฉพาะตัว เป็นหน้าผาขนาดใหญ่ เมื่ออยู่บนหน้าผาแล้ว สามารถมองเห็นทิวทัศน์ได้ทั่วบริเวณหมู่บ้านทั้งหมู่บ้าน อยู่ระหว่างหมู่บ้านต้นขนุนกับบ้านบางขามป้อม ระยะทางประมาณ 10 กิโลเมตร การเดินทางต้องเดินเท้าไม่มีรถยนต์เข้าถึง

ถ้ำจัน
เป็นถ้ำขนาดกลาง อยู่บริเวณป่าสงวนแห่งชาติคลองตรองฝั่งขวา ในท้องที่ตำบลผักขวา ตำบลทองแสงขัน มีความลึกจากปากถ้ำประมาณ 200 เมตร กว้างประมาณ 15 เมตร ภายในถ้ำสวยงามด้วยโขดหินรูปทรงแปลกตา การเดินทางรถยนต์สามารถเข้าถึงได้

ถ้ำวัวแดงและถ้ำเสือดาว
เป็นถ้ำขนาดเล็ก ปากถ้ำแคบภายในโพลงเข้าไปในถ้ำแล้วเป็นทางแยก หลายทาง ห่างจากถ้ำจันทร์ประมาณ 200 เมตร

เขาเจดีย์
เป็นภูเขาหิน มีรูปร่างคล้ายเจดีย์อยู่ห่างจากบริเวณถ้ำจันทร์ประมาณ 500 เมตร มีจุดเด่นเฉพาะตัวมองดูสวยงาม

ยอดดอยภูเมี่ยง
ตั้งอยู่บริเวณหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ คต.1 (บ้านต้นขนุน) มีลักษณะเป็นเทือกเขาแบ่งเขตจังหวัดระหว่างจังหวัดอุตรดิตถ์-จังหวัดพิษณุโลก มีความสูงจากระดับน้ำทะเลปานกลาง 1,656 เมตร สามารถชมทัศนียภาพของทั้ง 2 จังหวัด และสามารถมองเห็นเขื่อนสิริกิติ์ได้ นอกจากนี้ยังพบพรรณไม้ กุหลาบพันปี ข้าหลวง ดงตาว เอนอ้า และขันหมากป่า รวมทั้งพรรณไม้นานาชนิดตามเส้นทางสู่ยอดภูเมี่ยง นอกจากนี้ตามเส้นทางจะมีน้ำตกทั้งหมด 8 ชั้น แต่ละชั้นมีลักษณะความสวยงามแตกต่างกันออกไป ซึ่งยอดดอยภูเมี่ยงเหมาะสำหรับผู้รักความท้าทาย และความสวยงามตามธรรมชาติของทุ่งหญ้า ป่าเขา ลำเนาไพร

สถานที่ติดต่อ
อุทยานแห่งชาติคลองตรอน
หมู่ 3 ต.น้ำไคร้ อ. น้ำปาด จ. อุตรดิตถ์ 53110 

การเดินทาง
รถยนต์
จากอำเภอเมืองอุตรดิตถ์ เดินทางตามทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 11 (พิษณุโลก-เด่นชัย) ระหว่างหลักกิโลเมตรที่ 107-108 (สามแยกบ้านป่าขนุน) แยกไปตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1047 ระหว่างหลักกิโลเมตรที่ 36-37 สามารถเที่ยวชมถ้ำจัน และเมื่อเดินทางต่อไปตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1047 อีกประมาณ 11 กิโลเมตร ถึงทางแยกเข้าที่ทำการอุทยานแห่งชาติคลองตรอน โดยเดินทางตามทางแยกเข้าไปอีก 3 กิโลเมตร ถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติ

สถานที่กางเต็นท์/เต็นท์
มีพื้นที่กางเต็นท์ พร้อมห้องน้ำ-ห้องสุขารวม ไว้ให้บริการ ท่านสามารถนำเต็นท์มากางเอง หรือติดต่อขอใช้บริการเต็นท์ของอุทยานแห่งชาติ ซึ่งมีค่าบริการอยู่หลายอัตราขึ้นอยู่กับชนิด ขนาดของเต็นท์ และอุปกรณ์ประกอบอื่นๆ รายละเอียดเกี่ยวกับที่พักเต็นท์ขอให้ติดต่อ สอบถามกับอุทยานแห่งชาติโดยตรง