กรมป่าไม้พิจารณาแล้วได้สั่งการให้ นายธนศาสตร์ เวียงสารวิน ตำแหน่งนักวิชาการป่าไม้ 5 อุทยานแห่งชาติเขื่อนศรีนครินทร์ ปฏิบัติงานประจำอุทยานแห่งชาติน้ำหนาว จังหวัดเพชรบูรณ์และจังหวัดเลย ไปดำเนินการสำรวจข้อมูลสภาพป่ารายละเอียดในพื้นที่บริเวณดังกล่าวและบริเวณใกล้เคียง ที่มีความเหมาะสมเป็นอุทยานแห่งชาติ ตั้งแต่วันที่ 5 กรกฎาคม 2539 โดยให้จัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ และทำหน้าที่หัวหน้าอุทยานแห่งชาตินี้ด้วย

ต่อมากรมป่าไม้ได้มีคำสั่งให้ นายประดิษฐ์ เลิศลักษณ์ศิริกุล ตำแหน่งเจ้าพนักงานป่าไม้ 5 ประจำอุทยานแห่งชาติเขื่อนศรีนครินทร์ จังหวัด กาญจนบุรีไปปฏิบัติงานทำหน้าที่หัวหน้าอุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกินแทน นาย ธนศาสตร์ เวียงสารวิน โดยเริ่มปฏิบัติงานในหน้าที่ตั้งแต่วันที่ 5 สิงหาคม 2542 โดยได้สำรวจพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติ ป่าน้ำยาวและป่าน้ำสวด (ประกาศเป็นป่าสงวนแห่งชาติ เมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ 2531) ในท้องที่อำเภอท่าวังผา อำเภอเชียงกาง อำเภอทุ่งช้าง และอำเภอสองแคว จังหวัดน่าน ป่าสงวนแห่งชาติป่าน้ำเปื๋อย ป่าน้ำหย่วน และป่าน้ำลาว ท้องที่อำเภอเชียงคำ จังหวัดพะเยา และป่าสงวนแห่งชาติป่าแม่ยม ท้องที่อำเภอปง (เดิมขึ้นอยู่กับจังหวัดเชียงราย ปัจจุบันท้องที่อำเภอปง ขึ้นอยู่กับจังหวัดพะเยา) เพื่อจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติต่อไป

ลักษณะภูมิประเทศ
เป็นเทือกเขาสูงสลับซับซ้อนวางตัวในแนวเหนือใต้ คล้ายรูปตัว T ตัวเขียนใหญ่ในภาษาอังกฤษ ระดับความสูงของพื้นที่ประมาณ 300 - 1,752 เมตร จากระดับน้ำทะเล มียอดเขาที่สูงที่สุด คือ ยอดดอยจี๋ มีความสูงจากระดับน้ำทะเล 1,752 เมตร เป็นพื้นที่ต้นกำเนิดของลุ่มน้ำถึงสามลุ่มน้ำด้วยกัน คือ ลุ่มน้ำยมตอนบน ลุ่มน้ำยาวตอนบน และลุ่มน้ำลาว ซึ่งเป็นต้นกำเนิดของลำน้ำสายหลักของประเทศ คือ ลำน้ำยม และ ลำน้ำน่าน อันเป็นแม่น้ำสำคัญสายหลักในการประกอบอาชีพเกษตรของราษฎรริมสองลำน้ำ

ลักษณะภูมิอากาศ
เป็นแบบมรสุมเขตร้อน โดยได้รับอิทธิพลจากลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ในช่วงฤดูฝน และลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือในช่วงฤดูหนาว ภูมิอากาศแบ่งออกเป็น 3 ฤดู คือ ฤดูร้อน ตั้งแต่เดือนมีนาคม-เมษายน ฤดูฝนตั้งแต่เดือนพฤษภาคม-ตุลาคม และฤดูหนาวตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน-กุมภาพันธ์ อุณหภูมิเฉลี่ยต่ำสุดต่อปีประมาณ 8 องศาเซลเซียส อุณหภูมิเฉลี่ยสูงสุดต่อปีประมาณ 41 องศาเซลเซียส ปริมาณน้ำฝนเฉลี่ยต่อปีประมาณ 1,211 มิลลิเมตร

พืชพรรณและสัตว์ป่า
สภาพป่าประกอบด้วย ป่าดิบเขา พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ไม้ก่อชนิดต่าง ๆ พญาไม้ พญาเสือโคร่ง มะขามป้อมดง สนสามพันปี อบเชย กฤษณา ไม้พื้นล่างได้แก่ มอส เฟินชนิดต่างๆ ป่าดิบชื้น พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ยาง กระบาก สมพง ลำพูป่า กระทุ่ม พืชพื้นล่างได้แก่ กูดต้น กูดพร้าว เอื้องกุหลาบพวง เป็นต้น ป่าดิบแล้ง พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ยางแดง ยางขาว ตะเคียน ตะแบก มะม่วงป่า พืชพื้นล่างได้แก่ ไผ่ หวาย เฟิน ปาล์ม ต๋าว เป็นต้น ป่าเบญจพรรณ พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ มะค่าโมง สมอภิเพก ตะคร้อ เสี้ยว ดอกขาว พืชพื้นล่างได้แก่ หญ้าแฝก หญ้าคมบาง และพืชในวงศ์ ขิง ข่า เป็นต้น

จากการสำรวจพบว่าสัตว์ป่าส่วนใหญ่เป็นสัตว์ที่เลี้ยงลูกด้วยนมซึ่งมีตั้งแต่ขนาดกลางจนถึงขนาดเล็ก สัตว์เลื้อยคลาน สัตว์ปีก ได้แก่ เสือ เลียงผา เก้ง หมูป่า กระรอก กระแต หมาไน เหยี่ยว นกขุนทอง และนกเขา เป็นต้น

ทัศนียภาพสองข้างทาง
ระหว่างอำเภอสองแคว จังหวัดน่าน ถึงอำเภอเชียงคำ จังหวัดพะเยา จะมีทัศนียภาพที่สวยงาม
กิจกรรม -ชมทิวทัศน์

น้ำตกผาธาร
เป็นน้ำตกขนาดกลางมีน้ำไหลตลอดปี ประกอบน้ำตกชั้นใหญ่ ๆ 9 ชั้น ตั้งอยู่บริเวณที่ทำการอุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกิน ตำบลยอด อำเภอสองแคว จังหวัดน่าน
กิจกรรม -ชมพรรณไม้ - เดินป่าศึกษาธรรมชาติ - เที่ยวน้ำตก

น้ำตกห้วยหาด
หรือเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า น้ำตกบ้านยอด เป็นน้ำตกขนาดกลางมีน้ำไหลตลอดปี มีความสูงประมาณ 3 ชั้น น้ำตกตั้งอยู่ท่ามกลางป่าดิบแล้งสภาพสมบูรณ์ จึงมีน้ำไหลตลอดปี ตั้งอยู่ที่ตำบลยอด อำเภอสองแคว จังหวัดน่าน อยู่ก่อนถึงจุดชมทิวทัศน์ มีทางแยกขวามือเข้าไป 2 กิโลเมตร
กิจกรรม -ชมพรรณไม้ - เดินป่าศึกษาธรรมชาติ - เที่ยวน้ำตก 

ถ้ำหลวงสะเกิน
เป็นถ้ำขนาดกลาง ตัวถ้ำลึกประมาณ 600 เมตร ภายในถ้ำมีหินงอกหินย้อยสวยงามมาก เป็นถ้ำที่มีค้างคาวอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก ตั้งอยู่ที่ตำบลยอด อำเภอสองแคว จังหวัดน่าน อยู่ก่อนถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติ 1 กิโลเมตร มีทางเดินไต่ขึ้นเขาชันระยะทางประมาณ 200 เมตร จนถึงปากถ้ำกว้าง
กิจกรรม -เที่ยวถ้ำ/ธรณีวิทยา

ดอยภูลังกา
เป็นพื้นที่ที่มีความสูงจากระดับน้ำทะเลปานกลาง ประมาณ1,720 เมตร ตั้งอยู่ในท้องที่ ตำบลแม่ลาว อำเภอ เชียงคำ จังหวัดพะเยา บนยอดดอยสามารถมองเห็นทิวทัศน์สวยงามของแอ่งที่ราบกว้าง ซึ่งมีหมู่บ้านเรียงรายตั้งอยู่ใกล้กับแอ่งเก็บน้ำใหญ่ และมีแนวเทือกเขาสลับซับซ้อนเป็นฉากหลัง โดยเฉพาะในช่วงฤดูหนาวจะมีทะเลหมอกลอยปกคลุมหุบเขา
กิจกรรม -ชมทิวทัศน์ - เดินป่าศึกษาธรรมชาติ

น้ำตกผาลาด
เป็นน้ำตกขนาดใหญ่ สายน้ำไหลลงมาจากเขาซึ่งเต็มไปด้วยโขดหินระเกะระกะ จึงเกิดเป็นชั้นน้ำตกจำนวนมาก มีทางเดินเลียบน้ำตกขึ้นสู่น้ำตกชั้นบนๆ น้ำตกผาลาดอยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติไป 500 เมตร
กิจกรรม -เที่ยวน้ำตก

น้ำตกหงษ์เวียงจันทร์
เป็นน้ำตกขนาดกลางมีน้ำไหลตลอดปี ประกอบน้ำตกชั้นใหญ่ๆ 6 ชั้น ตั้งอยู่ที่ตำบลยอด อำเภอสองแคว จังหวัดน่าน
กิจกรรม -เที่ยวน้ำตก

ถ้ำปลากั้ง
เป็นถ้ำขนาดเล็ก มีความสวยงามพอสมควร ตั้งอยู่ที่ ตำบลยอด อำเภอสองแคว จังหวัดน่าน

สถานที่ติดต่อ
อุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกิน
ตู้ ป.ณ. 13 อ. ท่าวังผา จ. น่าน 55140
โทรศัพท์ 0 6889 7167 

การเดินทาง
รถยนต์
เดินทางจากตัวเมืองน่านใช้เส้นทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1080 สายน่าน-ทุ่งช้าง เมื่อถึงอำเภอท่าวังผา ระยะทางประมาณ 42 กิโลเมตร แล้วให้แยกไปทางซ้ายมือตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1148 สายท่าวังผา-สองแคว ระยะทางประมาณ 33 กิโลเมตร เมื่อถึงอำเภอสองแควแล้วให้แยกไปตามทางซ้ายมือตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1097 สายสองแคว-เชียงคำ ระยะทางประมาณ 38 กิโลเมตร ก็จะถึงหมู่บ้านสะเกิน ตำบลยอด อำเภอสองแคว แล้วให้แยกเข้าหมู่บ้านเลี้ยวไปทางขวามือผ่านหมู่บ้านไปอีกประมาณ 6 กิโลเมตร ก็จะถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกิน

สถานที่กางเต็นท์/เต็นท์
อุทยานแห่งชาติ ยังไม่ที่พัก-บริการไว้บริการนักท่องเที่ยว มีแต่สถานที่กางเต็นท์ให้บริการนักท่องเที่ยว เนื่องจากเป็นอุทยานแห่งชาติจัดตั้งใหม่ หากสนใจที่จะเดินทางไปท่องเที่ยวที่อุทยานแห่งชาติ นักท่องเที่ยวต้องจัดเตรียมเต็นท์และอาหารไปเอง