ปรากฏเห็นอยู่บ่อยครั้ง จึงได้เสด็จมาดูด้วยพระองค์เอง เวลากลางคืนจึงได้ทอดพระเนตรเห็นแสงสว่างจากดวงแก้วทั้ง 5 ดวง ลอยอยู่บนกองดิน 5 กอง จึงได้สอบถามความเป็นมาก็ทราบว่า คือพระเมโตธาตุ ( น้ำไคลมือ ) ขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าที่เคยล้างพระหัตถ์ และน้ำก็ไหลผ่านปลายนิ้วทั้ง 5 ลงพื้นดิน พระนางจึงเกิดศรัทธาสร้างพระธาตุเจดีย์ครอบกองดินทั้ง 5 กองไว้ และในวันที่ 20 เมษายนของทุกปี จะมีประเพณีสรงน้ำพระธาตุห้าดวง

ภายในบริเวณวัดประกอบด้วยอาคารต่างๆ มากมาย แต่ที่เด่นสะดุดตาเป็นจุดสนใจตั้งแต่จอดรถ ก็คือ "วิหาร ๙ ครูบา"  ในระหว่าง พ.ศ.๒๓๖๔ - ๒๓๖๘ เจ้าหลวงเศรษฐีคำฝั้น เป็นผู้ครองนครลำพูน ท่านได้ทำการบูรณะเมืองลำพูนเป็นอย่างดี ตามข้อความในพงศาวดารลี้ ฉบับพื้นเมืองอักษรลานนาจารึกลงใบลานว่า "เจ้าหลวงเศรษฐีคำฝั้น" ได้นำบริวารมาปรับปรุงเมืองลำพูนไปตามสายแม่น้ำลี้ ไปตลอดจนถึงเมืองลี้ มิได้เข้าไปในเวียง คงตั้งอยู่ที่เชิงเขาพระธาตุ ๕ ยอดนั่นเิอง แล้วก็ทำการซ่อมแซมองค์พระธา่ตุจนสำเร็จลุล่วงไปด้วยดี

หลังจากนั้นก็ได้มีพระครูบา ๖ รูป ได้มาปฏิบัติธรรมบำเพ็ญภาวนาและดูแลรักษารวมถึงบูรณะปฏิสังขรณ์วัดพระธาตุห้าดวง แต่ไม่ทราบประวัติความเป็นมาและ พ.ศ.ของพระครูบาแต่ละรูปได้ พระครูบาทั้ง ๖ รูป มีรายนามดังนี้
๑. ครูบากิตติ
๒. ครูบามหาสมณะ
๓. ครูบามหามังคลาจารย์
๔. ครูบามหาสวามี
๕. ครูบามหาเตจา
๖. ครูบาจะวรรณะ ปัญญา

ครูบาทั้ง ๖ นี้ หลวงปู่พระครูบาวงศ์(วัดพระบาทห้วยต้ม อ.ลี้)ท่านได้สร้างพระรูปเหมือนทั้ง ๖ ครูบา ประดิษฐานไว้ในวิหารเก้าครูบา ซึ่งอยู่ภายในวัดพระธาตุห้าดวงด้วย ที่ท่านเรียกว่าวิหาร ๙ ครูบา เพราะยังมีพระครูบาอีก ๓ รูป ที่ยังไม่ได้กล่าวถึง อันมี

๗. ครูบาศรีวิชัย
๘. ครูบาอภิชัยขาวปี
๙. ครูบาชัยยะวงศาพัฒนา

ซึ่งครูบาทั้ง ๓ รูปนี้ หลวงปู่พระครูบาวงศ์ท่านได้ปั้นพระรูปเหมือนประดิษฐานไว้ในวิหาร ๙ ครูบาด้วย ในวิหารจึงมีรูปเหมือนครูบาทั้งหมด ๙ รูป ท่านจึงเรียกวิหารนี้ว่า "วิหาร ๙ ครูบา"

จนกระทั่งถึง พ.ศ.๒๔๖๘ พระครูบาเจ้าศรีวิชัย ได้มาบูรณะพระธาตุทั้ง ๕ องค์จนสำเร็จ แล้วได้ทำการฉลองสมโภชน์องค์พระธาตุ เมื่อทำการฉลองสมโภชน์แล้ว ท่านพระครูบาศรีวิชัยจึงได้เดินทางกลับวัดบ้านปาง(อำเภอลี้) หลังจากนั้นไม่นาน วัดพระธาตุห้าดวงก็กลับร้างอีกครั้ง

ต่อมา พ.ศ.๒๕๐๑ นาย สนิท จิตวงศ์พันธ์ มาดำรงตำแหน่งนายอำเภอลี้ มีใจศรัทธาที่จะบูรณะวัดพระธาตุห้าดวง จึงได้นำศรัทธาประชาชนมาช่วยแผ้วถางและได้นิมนต์หลวงปู่พระครูบาชัยยะวงศา พัฒนาและครูบาขาวปี (วัดพระบาทผาหนาม อำเภอลี้) มาทำการบูรณะวัดพระธาตุห้าดวงอีกครั้ง จนถึง พ.ศ.๒๕๐๔ หลวงปู่พระครูบาชัยยะวงศาพัฒนา ท่านจึงได้มาจำพรรษา ณ วัดพระธาตุห้าดวง ๑ พรรษา โดยท่านเดินทางจากวัดห้วยน้ำอุ่น (อำเภอดอยเต่า จังหวัดเชียงใหม่)

ปัจจุบันวัดพระธาตุห้าดวง ซึ่งแต่ก่อนมีสภาพที่เสื่อมโทรม เนื่องจากขาดการดุแล ขาดผู้ที่มีศรัทธามาช่วยทะนุบำรุงอุปถัมภ์ บัดนี้ วัดพระธาตุห้าดวงได้รับการบูรณะและเริ่มทำการก่อสร้างถาวรวัตถุต่างๆ ทำให้สภาพของวัด ได้กลับฟื้นคืนมาเป็นสถานที่สำคัญในพระพุทธศาสนา ดั่งที่ท่านทั้งหลายได้เห็นประจักษ์แก่สายตาของท่านเวลานี้ ก็ด้วยความเมตตาปราณีอย่างหาที่สุดประมาณมิได้จากพระเดชพระคุณหลวงปู่พระครู บาชัยยะวงศาพัฒนา ทีท่านได้เมตตาดูแลอุุปถัมภ์ วัดพระธาตุห้าดวงแห่งนี้พร้อมไปด้วยคณะศิษย์ของท่านและคณะศิษย์ของพระเดช

พระ คุณหลวงพ่อฤาษีลิงดำ (วัดท่าซุง จังหวัดอุทัยธานี) ที่ได้ดำเนินรอยตามพระเดชพระคุณทั้งสองที่พระคุณท่า่นได้อุทิศชีวิตและร่าง กาย ของท่านเพื่อพระพุทธศาสนาและเพื่อความสุขของบรรดาลูกหลานทุกคน ที่มีความต้องการที่จะพ้นทุกข์และประสบความสุขที่แท้จริง